CAP SCIENCES l'esprit découverte - Bordeaux Aquitaine

L'esturgeon pourrait repeupler la Gironde

Retour sur info. L’an dernier nous vous présentions dans Info Science Aquitaine la réussite d’une nouvelle technique de reproduction (la cryoconservation) mise au point par la station Cemagref (1) de Saint Seurin sur l’Isle avec l’éclosion de 100 000 larves d’esturgeon européen, l’Acipenser sturio, espèce migratoire quasiment disparue des côtes et des rivières européennes.
Cette année pour réussir au mieux la repeuplement de l’estuaire de la Gironde, les scientifiques ont décidé d’introduire des esturgeons de 30 à 40 cm âgés de 2 ans. Les 400 spécimens introduits dans la Garonne à hauteur de Bourg sur Gironde font partie de la première reproduction artificielle de cette espèce, réussie à Saint Seurin sur l’Isle en 2007.

Si depuis deux ans, les scientifiques du Cemagref effectuent régulièrement des alevinages, ce dernier lâcher a pour but d’augmenter les chances de survie de cette espèce et donc la possibilité qu’ils se reproduisent. Cette réintroduction est en effet très délicate puisque l’Acipenser sturio se reproduit vers l’âge de 15 ans après s’être engraissé pendant deux ans dans les estuaires et avoir fini sa croissance au large des côtes. Aujourd’hui seuls quelques milliers d’individus sont encore présents dans les fleuves européens, tous originaires de la Gironde où les dernières reproductions datent des années 90. La qualité des eaux, les barrages et la surpêche ont eu raison de cette espèce qui jusqu’au milieu du XXe siècle peuplait l’estuaire de la Gironde.

Ce long travail mené par le Cemagref depuis les années 80 est important pour la biodiversité car malgré la protection de l’espèce par la France en 1982 puis par l’Europe en 1998, la population de l’espèce est en diminution. Aujourd’hui peu connu par le grand public, l’Acipenser sturio est le plus gros poisson migrateur d’Europe de l’Ouest ; pouvant mesurer jusqu’à 3,5 mètres, peser 300 kilos et vivre une centaine d’années.

Alexandre Marsat

(16 septembre 2009)

Trois ans de recherche pour une wax révolutionnaire

« La wax des planches de surf n’a pas évolué depuis 30 ans » explique Damien Houques, installé sur un promontoire de Biarritz qui domine la Côte des Basques, où en ce début de septembre les touristes ont fait place libre pour les surfeurs. Ancien salarié de Décathlon, passionné de surf depuis toujours et voulant se lancer dans la création d’entreprise autour d’un nouveau produit, son choix s’est tout de suite porté sur la wax : « il était évident que l’on pouvait améliorer ce consommable essentiel à la pratique du surf puisque personne ne s’était penché dessus, certainement du fait de sa faible valeur ajoutée. Pourtant, c’est l’interface entre le surfeur et sa planche. Sans wax, le pied n’accroche pas à la planche et les mouvements seraient impossibles, c’est une sorte d’antidérapant. En tant que praticien, j’attendais beaucoup d’une nouvelle wax ».
Des attentes rapidement confirmées par une étude auprès d’un panel de 250 surfeurs, réalisée avec Clément Desbordes, un stagiaire devenu son associé. « Nous nous sommes fixés comme objectifs d’améliorer l’accroche et la longévité de la wax, sa qualité d’application, sa résistance à la chaleur, et une restitution parfaite de l’énergie impulsée dans les manœuvres. »

Incubée à l’Estia, l’entreprise de Damien Houques, Natural Technology (1), a été appuyée par deux élèves-ingénieurs qui ont effectué des analyses fines des pressions subies par la planche selon les types d’appui des surfeurs en plaçant des capteurs sur la planche et en observant les figures avec la vidéo. « La pression des appuis oscille entre 2,5 et 50 newtons par centimètres carrés, nécessitant une wax suffisamment visqueuse pour absorber la pression et restituer l’énergie impulsée à la planche mais pas trop pour ne pas se déformer. Je voulais comprendre le fonctionnement du produit pour mettre au point une nouvelle formule la plus adaptée à la pratique ».
Pour cela, Damien Houques a travaillé avec le centre de recherche Rescoll (2) sur la composition de la wax. Cette nouvelle wax a nécessité trois ans de recherche et l’élaboration de 256 formules dont la dureté, le point de fusion, l’adhérence et la mécanique dynamique ont été testées.
Disponible depuis le mois d’août en quatre formules, pour s’adapter au plus près à la température de l’eau, cette nouvelle wax possède un point de fusion à 70°C contre 45°C pour les autres. Un avantage qui fait mouche chez les surfeurs, régulièrement excédés de voir leur wax fondre au soleil ou pire dans leur voiture.
Pour Damien Houques, il était aussi important d’en faire un produit écologique : « la wax étant constituée de cire et d’huile, nous avons décidé de n’utiliser que des produits végétaux à l’inverse de la plupart des autres wax qui sont issues de la pétrochimie. De plus, c’est la première wax fabriquée en Europe, dans la Loire. Un véritable atout auprès des surfeurs très sensibles à la protection de l’environnement. » D’ores et déjà, plusieurs surfeurs reconnus l’utilisent.

Alexandre Marsat

(10 septembre 2009)

Amarante Process, à la pointe du traitements des effluents viticoles

Arnaud Massot, responsable scientifique d’Amarante Process est fier de montrer les locaux flambants neufs de l’ISVV à Villenave d’Ornon (33). C’est dans ces murs, rassemblant depuis peu tous les laboratoires et chercheurs du secteur viti-vinicole d’Aquitaine, qu’il a créé avec Fabrice Meunier, la cellule de transfert Amarante Process, au sein de l’Equipe génie des Procédés (UMR d’œnologie) dirigée par le Professeur Martine Mietton-Peuchot. Aussitôt son doctorat sur le traitement des effluents phytosanitaires obtenu, il se lance dans l’aventure : « Régulièrement, des constructeurs de station d’épuration d’effluents viti-vinicoles faisaient appel à l’Equipe Génie des Procédés pour identifier l’origine des dysfonctionnements et proposer des solutions. Le laboratoire est en effet reconnu pour son expertise par les industriels du secteur. Les demandes étant croissantes, le Pr Mietton-Peuchot m’a proposé de créer Amarante Process pour répondre à leurs demandes et pour valoriser les recherches de l’équipe sur les tests d’évaluation de la qualité de l’épuration et de l’écotoxicité des effluents rejetés. »

Et, Amarante Process, créé fin 2008, a déjà étendu ses compétences vers de la recherche/développement notamment pour les nouveaux procédés. « Même si on touche à tout dans le secteur viti-vinicole, l’objectif est toujours le même : trouver des procédés plus propres et respectueux de l’environnement ».

Amarante Process planche d’ailleurs en ce moment sur un traitement des effluents qui pourrait également permettre de reconditionner l’eau des stations d’épuration en se basant sur les connaissances des chercheurs de l’équipe. (20 mai 2009)

Photo : Dr

Quand la Manche était un fleuve

Boston et New York sous plusieurs centaines de mètres de glaces, Lacanau au milieu des terres, … il y a 20 000 ans au dernier maximum glaciaire, alors que le niveau de la mer était inférieur de 120 mètres à celui que l’on connaît aujourd’hui, la Manche se traversait à pieds. « Ce fleuve charriait les sédiments, produits de l’érosion terrestre, dans le golfe de Gascogne. Il est maintenant clair que cet ancien fleuve a eu un impact sur la sédimentation du golfe », explique Samuel Toucanne du laboratoire Epoc (1). C’est à partir de ce postulat que le jeune chercheur a orienté son travail de thèse sur la reconstruction des transferts sédimentaires. « Pour savoir quel a été l’impact du fleuve sur cette sédimentation on a procédé à des carottages à plusieurs endroits du Golfe de Gascogne. On s’est alors rendu compte que ce fleuve avait un impact majeur mais irrégulier sur la sédimentation. En analysant les dépôts on a pu raconter l’histoire lointaine du fleuve. »

L’ancien fleuve alimenté notamment par la Somme et la Seine avait un débit important. Le Rhin et l’Elbe, eux, se jetaient au nord de la mer du Nord, celle-ci étant elle aussi exondée au cours des périodes glaciaires. Mais quand les deux calottes glaciaires couvrant les îles Britanniques et la Scandinavie se sont rejointes, une bifurcation s’est réalisée et les deux fleuves sont devenus confluents de la Manche augmentant ainsi sa puissance. A la fonte de la calotte glaciaire il y a environ 18 000 ans, la Manche avait un débit puissant, emportant avec elle les sédiments des sols lessivés.

Mais les études de Samuel Toucanne publiées entre autres prochainement dans Quaternary Science Reviews (2) ont permis d’aller beaucoup plus loin, jusqu’à il y a 350 000 ans. Ceci n’est qu’un début. En effet, « l’une des carottes prélevées permet de remonter à plus de 1,2 millions d’années ce qui nous a donné la possibilité d’établir la chronologie et l’ampleur des glaciations quaternaires. A partir de la variabilité des décharges sédimentaires, plusieurs cycles glaciaires/interglaciaires ont été analysés. Ceci est impossible avec les études géologiques à terre car les glaciations les plus récentes ont effacé les précédentes. » Cette reconstitution continue de l’histoire glaciaire est une donnée paléoclimatique précieuse pour la compréhension des climats passés et futurs.
(29 avril 2009)

(1) Environnements et Paléoenvironnements Océaniques (Epoc), est une Unité Mixte de Recherche (UMR 5805) commune à l’Université Bordeaux 1 et au CNRS
(2) « Timing of massive 'Fleuve Manche' discharges over the last 350 kyr: insights into the European Ice Sheet oscillations and the European drainage network from MIS 10 to 2 ». Toucanne S., Zaragosi S., Bourillet J.F., Cremer M., Eynaud F., Van Vliet-Lanoe B., Penaud A., Fontanier C., Turon J.L., Cortijo E., Gibbard P.L. (2008)

Légende : les deux calottes glaciaires se rejoignant les fleuves d’Europe étaient redirigés vers le fleuve Manche, augmentant fortement son débit

Le règne animal sous les vitrines de Bordeaux 1

50 000 invertébrés et 1 000 vertébrés, les Collections de biologie animale de Bordeaux 1 ont de quoi surprendre l’amateur, le collectionneur ou le simple visiteur tant la richesse de ces collections, soigneusement rangées dans le bâtiment B4 de l’Université est importante.

Jean-Rémi Pape, maître de conférences en physiologie animale et chercheur en neurosciences et Andrée Boutin, gestionnaire, en charge de la sauvegarde et la mise en valeur des collections ouvrent toujours avec passion la salle des Collections, comme ils l’ont fait pour H20, le Mag.

Classés selon les principes de la systématique phylogénétique (liens de parenté), ces Collections recèlent plusieurs spécimens remarquables comme le Kiwi ou le Desman des Pyrénées.
Mais les plus nombreux sont les papillons et les insectes récoltés par les étudiants et leurs professeurs sur le terrain et surtout issus de dons de particuliers comme les papillons exotiques de Schirber/de Sandt.
(03 avril 2009)

Plus d'informations :
http://www.u-bordeaux1.fr/collections_biologie/.



 

Photos : Pierre Baudier

Une mission marine au large d’Oman pour reconstruire l’histoire des fleuves

Sébastien Zaragosi s’apprête à embarquer sur le Beautemps‑Beaupré dans les jours à venir dans l’Océan indien. A bord du bâtiment militaire d’océanographie (1), il va parcourir les côtes de la Mer d’Arabie entre Salalah au Sultanat d’Oman et Abou Dhabi dans les Emirats Arabes. « A la demande du Service Hydrographique et Océanographique de la Marine, nous allons étudier la marge continentale du Sultanat d’Oman pour mieux connaître ses fonds sédimentaires. », explique le chercheur du laboratoire Epoc (2) de l’Université Bordeaux 1.
Une marge continentale est une zone de transition entre le domaine continental et océanique où se déposent les sédiments issus de l’érosion du continent.

Lors d’évènements climatiques extrêmes comme en juin 2007 avec le passage du cyclone Gonu, les fortes précipitations remettent en service l’ensemble du système hydrologique. Le cyclone avait entraîné de grandes inondations dans cette région semi-désertique, déversant des sédiments loin des côtes.

C’est justement ces fleuves éphémères, dénommés wadi dans la région, qui intéressent le scientifique. Ses mesures permettront peut être de connaître la récurrence des cyclones ou encore l’activité de ces systèmes fluviatiles. « l’objectif est d’essayer de reconstruire les régimes des fleuves et leur histoire, savoir si la région était plus humide et si les fleuves étaient plus actifs autrefois. » Pour procéder à ces mesures, des carottages seront effectués lors de la mission, à une profondeur moyenne de 3500 mètres. Actuellement, Julien Bourget, le doctorant qui va embarquer avec Sébastien Zaragosi, prélève du sable à travers la région du Wadi Al Batha pour essayer de savoir d’où proviennent les sédiments qui se seraient déposés au large des côtes. Des découvertes surprenantes sont toujours possibles dans cette région peu connue (voir encadré). (13 mars 2009)

(1) Le beautemps‑Beaupré est un bâtiment hydrographique et océanographique (BHO) de la Marine nationale. Mis en service fin 2003, ce BHO effectue des missions militaires et des missions d'hydrographie générale à la demande du Shom (Service hydrographique et océanographique de la Marine). L’Ifremer peut disposer de ce BHO plusieurs journées par an.
(2) http://www.epoc.u-bordeaux.fr

Une zone méconnue, pleine de surprises
Cette partie‑là de l’Océan a une histoire tectonique complexe. Actuellement, le nord de la Mer d’Arabie est en train de passer sous l’Iran et le Pakistan. L’histoire sédimentaire de cette région est pourtant très peu connue Il faut dire que l’on connaît très mal l’ensemble de nos fonds marins et qu’il est difficile de procéder à des mesures dans cette région très instable, entre la Somalie, l’Iran et le Pakistan. Lors d’une mission dans la région en 2006, ces chercheurs avaient découvert un imposant chenal sous-marin au large de la Tanzanie, un des plus grands corps sédimentaires dévoilés à ce jour.

Les civelles ont besoin d'énergie pour leur migration

Les chercheurs de l’Inra et du Cemagref ont réussi à lever le voile sur l’un des nombreux secrets de l’anguille. Il avait été constaté qu’au stade civelle, les anguilles ne migrent pas toutes vers l’amont des cours d’eau, certains individus se sédentarisant dès l’entrée de l’estuaire.

Pour comprendre cette divergence migratoire, Sarah Bureau Ducolombier (1), a décidé de comparer physiologiquement  les civelles pour trouver un lien avec leur comportement. Pour y parvenir, elle a  ramené au laboratoire de la station Inra de Saint-Pée-Sur-Nivelle des civelles capturées en différents endroits de l'estuaire de l’Adour. Elle a observé leur comportement lors de simulations de l'alternance jour/nuit ou de la marée, et a pu comparer les individus qui réagissaient au stimulus migratoire (crépuscule ou inversion du courant) à ceux qui restaient immobiles. Les individus les plus mobiles étant les plus gros, la chercheuse en a conclu que les civelles avaient besoin d’énergie pour migrer. Le contenu énergétique pourrait n'être limitant que sous certaines conditions. D'autres travaux ayant montré que les individus les plus mobiles reprennent leur alimentation plus rapidement que les autres, la reprise alimentaire pourrait participer au niveau énergétique. Cette hypothèse nécessite d'autres tests car jusqu’à aujourd’hui on pense que la civelle cesse son alimentation pour la migration, et qu'elle ne peut compter que sur sa réserve énergétique de base pour remonter l'estuaire.

« Il est important de connaître le mode de vie de l’anguille car en vingt ans, la population a été divisée par dix » explique Agnès Bardonnet de l’Inra. La pollution, le réchauffement climatique, la surpêche, l’aménagement des rivières et des zones humides ou encore le mauvais état sanitaire comptent parmi les multiples causes de cette diminution pour un poisson qui a pourtant la faculté de s’adapter à des milieux très différents. (27 février 2009)

(1) Sarah Bureau Ducolombier a réalisé sa thèse sur ce sujet, co-dirigée par Agnès Bardonnet et Valérie Bolliet (Inra/UPPA) et par Patrick Lambert (Cemagref).

Une longue migration
Le mythique poisson d’eau douce et de mer qu’est l’anguille effectue deux longues migrations au cours de sa vie, au tout début et à la toute fin. L’anguille européenne rejoint la mer des Sargasses (au nord=est des Antilles) pour s’y reproduire. Utilisant certainement toutes ses ressources dans cette migration, c’est ici qu’elle mourrait après avoir donné naissance à des millions d’œufs. A l’éclosion, les larves, appelés leptocéphales, quittent la mer des Sargasses pour rejoindre les côtes européennes et nord-africaines par dérive, selon les courants. Cette longue migration durerait de 1 à 3 ans. Elle remonte les cours d’eau où elle va se nourrir et croître pour devenir anguille jaune ; avant de se métamorphoser en anguille argentée. A cette phase, elle est prête pour la longue migration.
Beaucoup de conditionnel entoure encore les connaissances sur ce poisson à la biologie et au mode vie complexe.

Tempêtes : les chercheurs mobilisés pour protéger les forêts

Forts de plusieurs années d’expériences et d’observations les chercheurs de l’Inra et notamment du site de Cestas-Pierroton dans les Landes girondines (1) peuvent apporter des solutions aux acteurs de la filière bois et des collectivités locales.

Jean-Michel Carnus, directeur de l’unité forêt-bois à l’INRA Bordeaux Aquitaine explique : « on a mené des recherches sur la stabilité de l’arbre et sur son comportement mécanique face aux vents. Il y a des phénomènes d’adaptation de l’arbre : côté vent , les racines sont plus développées et côté opposé, le bois du tronc est plus dense. » Ces observations permettent d’expliquer des variations de la qualité du bois et d’explorer la variabilité génétique de l’adaptation aux vents. « Pour ce qui est par exemple du pin maritime, on sait qu’il y a différentes origines (pins maritimes des Landes, de Corse, du Portugal et du Maroc), dont certaines jouissent de propriétés contribuant à une meilleure adaptation. Des programmes d’hybridation permettent de combiner la croissance du pin landais avec le meilleur enracinement et la meilleure résistance à la sècheresse des pins corses ou marocains ».

Mais, l’activité racinaire n’est pas la seule réponse aux dégâts causés par la tempête comme le rappelle le chercheur : «  la densité des peuplements forestiers joue aussi sur la stabilité des pins. Plus la parcelle est dense et jeune, plus les arbres, qui ont moins de prises au vent, sont résistants. Dans ce cas, on conçoit bien des systèmes dédiés à la production de biomasse forestière avec des coupes à 20 ans » Cependant, les grumes étant moins hautes, le bois ne peut pas être destiné aux bois d’œuvre, largement préférés par les exploitants. « On peut envisager ce que l’on appelle des ‘peuplements semi-dédiés’ voire des systèmes mélangés en taillis sous futaie, avec des parcelles denses que l’on éclaircit au bout de 10-15 ans pour du bois de biomasse, les arbres restants étant conservés pour du bois d’œuvre ».

« Il faudra adapter les pratiques sylvicoles comme cela s’est toujours fait à l’occasion de crises majeures», plaide Jean-Michel Carnus. « et sans doute faire porter plus qu’avant nos réflexions collectives sur la prise en compte de l’aléa tempête dans l’aménagement du massif des Landes et sur les aspects paysagers ». Et les chercheurs ne manquent pas de solutions. « Il est essentiel de pouvoir remédier à une fragmentation croissante des massifs boisés et aux couloirs de vents que sont les lignes de trains, les routes, les chemins… où le vent accélère. Pour cela, l’aménagement de lisières peut être bénéfique. On plante différentes espèces feuillues ou résineux, aux racines plus importantes, en bordure de parcelle pour briser le vent. C’est intéressant pour la biodiversité, pour l’esthétique et bien sûr pour la gestion durable des forêts. »

« Il est nécessaire que nous ayons tous une réflexion d’ensemble ». (20 février 2009)

Légende photo : l’Aquitaine est la première région boisée de France avec 1,8 millions hectares (43% de l’Aquitaine)
(1) Aux lendemains des tempêtes de 1999, l’Inra avait lancé avec d’autres partenaires un programme de recherches pour approfondir les connaissances en vue de mieux protéger les forêts des ouragans. http://www.pierroton.inra.fr/

Changements climatiques : un nouvel outil pour tester la fiabilité des modèles

Une équipe internationale constituée de chercheurs bordelais l'unité CNRS « Environnements et paléoenvironnements océaniques », a mis au point une reconstitution des températures de l'océan au cours du dernier maximum glaciaire, survenu il y a environ 20 000 ans, avec une fiabilité et une précision sans précédent ; au sein du programme Margo.
Le programme qui a pour objectif de reconstruire les climats passés pour mieux comprendre le présent et mieux anticiper les changements climatiques à venir est une véritable révolution pour les climatologues. Pour l’équipe, « cet ensemble unique de données a identifié certaines faiblesses des modèles climatiques utilisés par le GIEC ».

Pour développer une nouvelle cartographie des températures de surface de la mer du dernier maximum glaciaire, les scientifiques ont utilisé six indicateurs climatiques, tous considérés comme très fiables : l'analyse de quatre micro-fossiles d'organismes planctoniques ainsi que deux sortes de mesures géochimiques (1). L'ensemble des 696 estimations produites par ces six techniques (une seule était utilisée auparavant) a été traité de manière à fournir une carte des températures estimées ainsi que des incertitudes associées.
Si les chercheurs se concentrent sur les océans c’est qu’ils sont des témoins directs des changements climatiques actuels et s'avèrent également des excellents révélateurs des climats passés.
Les modèles actuels ne pouvant pas simuler toutes les situations climatiques, Margo, en offrant la possibilité de tester ces modèles, devrait permettre d'améliorer la prédiction des changements climatiques et de leurs conséquences.
(6 février 2009)

(1) Etude des molécules organiques produites par les algues unicellulaires (alkénones) et des métaux (magnésium et calcium) contenus dans les coquilles du zooplancton (foraminifères planctoniques).

Une herbe marine, bio-marqueur du bassin d'Arcachon

La marée est descendante en cette matinée de décembre, au lieu-dit Taussat entre Andernos et Lanton. Micheline Grignon-Dubois en profite pour ramasser des zostères, ces petites herbes marines présentes sur le Bassin. Régulièrement cette directrice de recherche du CNRS, responsable du laboratoire Phyvalbio (1) collecte l’herbe pour étudier son évolution et prévenir son déclin. Grande défenseure de la zostère, c’est avec amertume qu’elle « arrache » le rhizome de cette plante. « C’est un excellent indicateur de la qualité de l’eau et de l’état général de la lagune. S’il se dégrade, elle se développe moins avec des conséquences pour l’ensemble de l’écosystème. »

Et justement cette plante est en régression sur le Bassin. Comme partout où il y a de l’activité touristique, agricole, industrielle ou des plaisanciers, il y a de la pollution. Les eaux se chargent alors en dérivés azotés favorisant la prolifération d’algues vertes, qui asphyxient les herbiers et dégagent beaucoup d’azote lors de leur décomposition. Cette pollution est aussi dangereuse pour l’activité ostréicole, insiste Micheline Grignon-Dubois.

En fin de vie, les zostères s’échouent sur les plages. L’équipe Phyvalbio s’attache à démontrer que cette biomasse, abondante et renouvelable, constitue une grande valeur économique. Les feuilles de zostère renferment des substances aux multiples vertus. C’est le cas de l’acide rosmanique, dont les teneurs dans la zostère dépassent celles du romarin lui-même. Ce polyphénol est largement utilisé dans le domaine du médicament ou des compléments alimentaires. Or, les collectivités locales ramassent la zostère pour avoir des plages propres : « on peut extraire les produits à haute valeur ajoutée à partir de cette herbe échouée et utiliser le résidu végétal pour d’autres applications. Et atteindre ainsi le déchet zéro ». Un matériau isolant à base de Zostères a déjà reçu l’agrément technique européen.

Un critère qui pourrait intéresser les collectivités locales ; sur le Bassin plusieurs milliers de tonnes de zostères échouées sont ramassées chaque année. Des avantages économiques et écologiques que Micheline Grignon-Dubois souhaite promouvoir au sein d’un programme européen où son laboratoire, associé à d’autres partenaires, pourrait être sélectionné.
(18 déc 2008)

(1) http://www.phyvalbio.u-bordeaux1.fr

La sexualité des truffes n’est plus un mystère

La recherche sur les truffes vient de vivre un nouveau tournant. « La sexualité des truffes n’est plus un mystère » s’exclame Jean-Marc Olivier qui a consacré 25années de recherche à l’Inra Aquitaine sur ces champignons mythiques (1). « Jusqu’à maintenant, on croyait que la truffe était homothallique, c’est à dire qu’elle avait un fonctionnement proche de l’hermaphrodisme, mais sans preuve scientifique directe. Or, grâce aux progrès de la biologie moléculaire, des collègues italiens ont réussi à mettre au point une astuce technique qui leur a permis de sortir de l’ADN des spores. L’ADN nous a alors appris que l’ascocarpe (la partie que l’on mange) naît de la rencontre de cellules maternelles et paternelles. L’heterothallisme a été prouvé. » Cette reproduction permet à la truffe d’effectuer une recombinaison, peut varier et s’adapter aux changements notamment climatiques. La découverte est importante pour les trufficulteurs, car on peut maintenant éliminer toute idée d’une espèce en voie de disparition par appauvrissement génétique. « Une nouvelle question se pose : quand on fait l’ensemencement (2), est-ce que l’on maîtrise bien la sexualité ? Cela pourrait contribuer à améliorer et à rendre plus régulière la trufficulture. » La recherche sur les truffes n’est donc pas prête de s’arrêter, bien au contraire, cette découverte ouvre de nouveaux champs d’investigation. « On va pouvoir comprendre comment fonctionne la reproduction et notamment pourquoi les « bébés » truffes se forment au mois de mai. D’autres résultats sont à venir (sur la nutrition ou l’écologie) avec l’avancement du séquençage du génome de la truffe noire par l’Inra Nancy. » Et, la région bordelaise restera en pointe sur ces recherches puisque un nouveau programme, « Truffe dans le paysage et les politiques de gestion du territoire », est piloté par le Cemagref de Cestas. (3)
(13 nov 2008)

(1) Le 24 novembre, Jean-Marc Olivier, ex- directeur de l’unité Mycologie et sécurité des aliments, présentera à la Maison de l’Aquitaine à Paris, la synthèse des expérimentations « trufficulture » réalisées depuis 1993 en France et notamment par l’Inra Aquitaine.
(2) La relance de la trufficulture en France s’est fait grâce à la « mycorhization contrôlée en pépinière » : l’Inra a mis au point en 1970 l’ensemencement d’arbres mycorhizés (le champignon est installé sur les racines de l’arbre). Cette mycorhization est aujourd’hui contrôlée dans notre région par la société Agritruffe à Saint-Maixant (33).
(3) avec l’Inra,l’EnitaB et l’université Bdx

Légende photo : ascocarpes de truffe noire juste après récolte.

Une vendange de haute précision en pleine agglomération bordelaise

Des rangs de vigne, on assiste à un étrange ballet : des têtes se lèvent puis se baissent parmi le brouillard matinal. En lisière de l’agglomération bordelaise on est aux derniers jours de vendange du millésime 2008 du Château Couhins, à Villenave d’Ornon (1).
Avant même de traverser le chemin de la Gravette, une pancarte nous prévient: le Château appartient à l’Inra. On se doute alors que ces vendanges à la main ont quelque chose de particulier. Ici, on applique la vendange par parcellisation. Comprenez qu’on ne vendange pas tout une parcelle d’un seul coup.

A l’aide d’une machine appelée GreenSeeker, mise au point par le chercheur de l’Inra Jean-Pascal Goutouly, les viticulteurs du Château connaissent avec exactitude l’avancée de la maturation des raisins, grâce à la mesure de la vigueur (croissance végétative) de la vigne. Dominique Forget, directeur du château explique : « Installé sur un tracteur, le GreenSeeker, émet un rayonnement qui est réfléchi par la feuillage de la vigne ». Appuyé d’un GPS et d’un ordinateur, ce système permet de cartographier au mètre près (longueur moyenne de la végétation d’un cep) l’état de la vigueur des rangs de vignes. Si l’on souhaite un important rendement, il faut qu’elle soit très vigoureuse ; mais cette densité de végétation est un élément favorable au développement des parasites… toute la conduite de la vigne est liée à la maîtrise de sa vigueur.

Saison après saison, ces mesures permettent alors de réguler les apports d’intrants puis de fixer les dates de récolte. « Ainsi on procède à une vendange de précision ». Les 90 000 bouteilles (2) qui sortent du Château Couhins permettent à tous d’évaluer, en bouche, cette technique innovante. (15 oct 2008)

(1) http://www.chateau-couhins.fr
(2) Des 20 hectares, il est produit, en moyenne, 70 000 bouteilles en rouge (Merlot, Cabernet-franc, Cabernet-sauvignon et Petit Verdot), et 15 000 bouteilles en blanc (Sauvignon et Sémillion). A noter qu’en blanc, le Château Couhins est Cru classé de Graves depuis 1959

Légende photo : le GreenSeeker est installé sur un tracteur pour parcourir les rangs et procéder aux mesures.

Les sentinelles de la mer

En front de mer, face à la jetée Thiers d’Arcachon, les membres de l’équipe Gema Arcachon (1), ne peuvent pas être mieux placés. A quelques dizaines de mètres de leur bureau de la Station marine, sous la jetée, ils ont placé des huîtres munies d’électrodes reliées à un boîtier. Ces électrodes permettent de mesurer l’ouverture de ces mollusque bivalves. Le principe en apparence assez simple renseigne les scientifiques sur la qualité de l’eau. L'arrivée d'un changement de qualité de l'eau perçu par l'animal comme une agression externe, et le mollusque se ferme à des heures anormales; un affaiblissement de son organisme et la fréquence d’ouverture-fermeture, ou sa croissance journalière, ne sont plus les mêmes.

« C’est comme le sommeil chez les humains, les huîtres ont des heures où elles sont fermées et d’autres où elles sont ouvertes ; s’il y a perturbation de ce rythme biologique c’est qu’il se passe quelque chose d’anormal. A nous d’apprendre à lire leur comportement pour les utiliser comme sentinelle », explique Jean-Charles Massabuau, responsable du Gema Arcachon qui a aussi muni des bénitiers de cette technologie en Nouvelle-Calédonie pour étudier les éventuels impacts de l’usine d’extraction de minerai Goro Nickel dans le lagon sud.

L’équipe de Jean-Charles Massabuau collecte tout au long de la journée pas moins de 1,7 millions de données sur chaque site qui sont transmises automatiquement à minuit à un ordinateur dont les équations mathématiques complexes ont été créées par le mathématicien-statisticien du groupe, Gilles Durieu. Cela permet d’analyser et de comparer automatiquement les mouvements des valves et de voir s’il y a des anormalités dans leur comportement. Ainsi, les chercheurs n’ont pas besoin de se déplacer sur les sites étudiés. Pour en faire profiter toute la communauté scientifique mais aussi les riverains des zones étudiées, l’équipe met en ligne tous les jours les données collectées, sous forme de graphiques. (2) Toute l'électronique a été développée par Pierre Ciret, ingénieur électronicien au CNRS, et par une PME locale, EUKREA Electromatique.

Ainsi, il est envisagé de placer ces véritables bio-capteurs dans les passes du bassin d’Arcachon pour prévenir en temps réel de l’arrivée d’algues toxiques. Et, un major pétrolier, qui souhaite prévenir la pollution aux hydrocarbures, a d’ores et déjà pris contact avec le Gema Arcachon. (08 oct 2008)

(1) Le Gema (Géochimie et Ecotoxicologie des Métaux dans les systèmes Aquatiques) est une des cinq équipes du laboratoire EPOC (CNRS et Université Bordeaux I).
(2) Voir le lien 

Photo 1 : De gauche à droite les membres de l'équipe impliqués dans le projet : Mohamedou Sow, étudiant en thèse, mathématicien; Pierre Ciret, ingénieur électronicien, CNRS; Damien Tran, chargé de recherche au CNRS, écotoxicologiste, écophysiologiste ; Gilles Durrieu, maitre de conférence à l'Université Bordeaux 1, mathématicien.
Photo 2 : Les électrodes sont placées sur la coquille du mollusque

Il marie des arbres différents

Ce mardi 23 septembre, l’Aquitain Guy Roussel chercheur à l’Inra a reçu le laurier « appui à la recherche » de l’Inra en présence de la secrétaire d’état chargée de l’écologie Nathalie Kosciusko-Morizet.
Ce trophée récompense le travail du chercheur et de son unité mixte "Biodiversité, gènes et communautés" du domaine expérimental forestier de Pierroton (1). Guy Roussel a contribué de manière déterminante à l’orientation de son unité de recherche vers l’exploration de la diversité génétique des populations d’arbres. Il a soulevé des obstacles techniques en concevant plusieurs dispositifs destinés aux croisements entre des arbres de grande taille comme le chêne. Son "injecteur cyclone à deux voies" permet d’insuffler le pollen récolté sur l’arbre "père" dans des poches contenant les inflorescences femelles de l’arbre "mère".

Cette machine permet aussi d’économiser le pollen récolté, et donc d'obtenir le nombre de descendants suffisants pour l’analyse génétique. Les croisements réalisés ainsi entre différentes espèces de chênes blancs (chêne pédonculé, sessile et pubescent) ont permis à l’équipe de Guy Roussel d’établir la première carte génétique de cette famille. Cette carte est devenue depuis une référence non seulement pour le chêne, mais aussi pour le châtaignier et le hêtre qui lui sont proches. Elle permet de mesurer la variabilité du génome entre les espèces.

Les lauriers de l'INRA ont été créés en 2006 pour « honorer la créativité, les compétences exceptionnelles que l'on rencontre à l'INRA, et participent à la promotion des métiers de la recherche ».
(23 sept 2008)

(1) Unité mixte de recherche INRA-Université Bordeaux I 

100.000 larves pour sauver l’esturgeon

Nouvelle victoire pour le repeuplement de l’esturgeon européen. Après l’éclosion des première larves, dont Capsciences.net vous avez parlé l’an dernier, la station Cemagref de Saint-Seurin sur l’Isle, vient d’enregistrer un nouveau succès. Les chercheurs du Cemagref viennent en effet de donner naissance à 100.000 larves d’Ascipenser sturio, soit dix fois plus que la première tentative de reproduction artificielle de 2007.

Cette réussite a même permis de valider une nouvelle technique : le recours à du sperme décongelé car de petits lots d’œufs ont été fécondés avec succès par ce procédé. Cette cryoconservation permet d’accroître les possibilités de croisement et de garantir les reproductions futures.

Rappelons que l’esturgeon européen est aujourd’hui menacé de disparition alors qu’autrefois ce grand migrateur peuplait les côtes et les rivières de l’Europe de l’Ouest. Victime de l’intensification de sa pêche en mer et en estuaire dès le début du XXème siècle, notamment pour la fabrication de caviar, de la dégradation de la qualité des eaux, de la destruction des frayères et de la construction de barrages, l’espèce a été protégée par la France en 1982 et en 1998 par l’Europe. Aujourd’hui il reste moins de 10 000 individus, originaires uniquement du bassin de la Gironde. Cette réussite est donc une excellente nouvelle pour sa sauvegarde et son repeuplement. Rendez-vous est d’ores et déjà fixé en septembre pour l’alevinage de ces larves. (4 août 2008)

Le bois, biocarburant du futur ?

Accusés d’exacerber la crise alimentaire, les agrocarburants sont aujourd’hui remis en question. Cependant, une seconde génération de biocarburant pourrait voir le jour. Les bois, eux aussi, contiennent de la cellulose qui est un polymère de sucres élémentaires et qui, une fois récupérée par hydrolyse, fermentée et distillée, se transforme en bioéthanol. Des recherches initiées en 2005 dans le cadre du pôle de compétitivité « Industries et pin maritime du futur », viennent d’aboutir. Des chercheurs de l’Unité des sciences du bois et des bio polymères et de l’Institut du Pin (Bx I) ainsi que de l’INSA, Institut National des Sciences Appliquées de Toulouse, ont réussi, avec le soutien d’industries telles que Tembec et Genencor International, à mettre au point un processus performant. « Le besoin était d’éliminer la lignine, polymère présent dans le bois, pour pouvoir accéder à la cellulose sans utiliser les procédés violents et énergivores actuels comme l’acide sulfurique à haute température ou la technique du bois explosé. On a donc mis au point un nouveau procédé : l’hydrolyse de la pâte à papier par les enzymes à basse température. L’intérêt est de pourvoir hydrolyser la cellulose du bois à 100% et, par le biais de la cuisson, de générer l’énergie nécessaire au process sans faire appel à une source extérieure » explique Jean-Claude Pommier, coordinateur du projet. (21 mai 2008)